El Municipio de Charcas nace según los historiadores con la llegada de Don Juan de Oñate, allá por el año de 1563, sin embargo, las crónicas religiosas plasmadas en antiguos documentos, hacen constar que en el Siglo XVI, la región de Charcas se encontraba habitada por indígenas salvajes nómadas, que venían de diferentes lugares sin contar con un nombre que los distinguiera, solo tenían en común su fiereza sanguinaria, al grado que se decía que en esta extensa zona habían asesinado a muchos hombres y mujeres pobladores del lugar, sin librarse los misioneros, de los cuales también dieron cuenta. Se dice que los barbaros abundaban en los caminos, por lo cual, la región fue considerada por los españoles como Frontera de Guerra.

Es la institución educativa más antigua ya que existe desde la época colonial. Fue fundada por los españoles como “Liceo de Enseñanza Elemental” al erigirse este antiguo Real de la Natividad de Santa María de las Charcas en el año de 1574, siendo los franciscanos quienes impulsados por su fe espiritual y en nombre del Rey Felipe II, empezaron a impartir instrucción básica y doctrina cristiana a los hijos de los colonizadores que se agrupaban en los sombríos aposentos que pertenecían al Convento de San Francisco.

La región de Charcas se encontraba habitada por indios guachichiles, realmente salvajes y agresivos. La corona española estaba interesada en hacer crecer la explotación minera hacia el norte, y eso ocasionó una pugna que es conocida como la guerra Chichimeca, conflicto que duró de 1545 a 1590.

1584 
El convento de Santa María de las Charcas consta de cinco religiosos: los legados de memorias de misas que tiene son dos, que importan cada año veinte pesos, sus fincas están en casas de real de minas: la erección de dicho convento fué el año de mil quinientos setenta y cuatro, y habiendo los indios enemigos desolado el pueblo, juntamente desolaron el convento, el cual se volvió á fundar el año de mil quinientos ochenta y dos. Es real de minas, pero tiene doctrina de indios.